Saison 1 - NCIS : Enquêtes spéciales

La première saison est composée de vingt-trois épisodes réels de la série NCIS et de deux intronisant les personnages du NCIS dans les épisodes 20 et 21 de la saison 8 de la série JAG.

Au début de la saison 1, le personnage de Caitlin Todd, ancien agent de l'USSS, est invité à rejoindre l'équipe du NCIS, chose qui sera faite dans l'épisode 3. Puis un « fil rouge » se met en place lorsqu'un terroriste prend le médecin légiste Ducky , son assistant Gerald ainsi que l'agent Kate en otage (épisode 16). Dès lors, Leroy Jethro Gibbs le traquera jusqu'à l'épisode final de la saison dans lequel il découvrira l'identité de cet homme : Ari Haswari . Se posera alors un autre problème car Ari est un agent double du Mossad, infiltré dans une cellule terroriste et protégé par le FBI.